何故日本の学校で日本の国歌を歌わないという選択肢が出てくるのか

君が代の現状
君が代は、国旗国歌法によって、公式に日本国の国歌となっている。法制定以前にも、1974年（昭和49年）12月に実施された内閣府・政府広報室の世論調査[注 1]において、対象者の76.6%が「君が代は日本の国歌（国の歌）としてふさわしい」と回答する一方で、「ふさわしくない」と回答したのは9.5%だった[1]。君が代が日本の国歌にふさわしいという世論調査の一方で、君が代の歌詞への反対意見はしばしば取り上げられる。

1998年（平成10年）頃から教育現場において、文部省の指導で日章旗（日の丸）の掲揚と同時に「君が代」の斉唱の通達が強化される。日本教職員組合などの反対派は憲法が保障する思想・良心の自由に反するとして、旗の掲揚並びに「君が代」斉唱は行わないと主張した。1999年（平成11年）には広島県立世羅高等学校で卒業式当日に校長が自殺し、「君が代」斉唱や日章旗掲揚の文部省通達とそれに反対する日教組教職員との板挟みになっていたことが原因ではないかと言われた。これを一つのきっかけとして「国旗及び国歌に関する法律」が成立、政府は国旗国歌の強制にはならないとしたが日教組側は実際には法を根拠とした強制が教育現場でされていると指摘、斉唱・掲揚を推進する教育行政並びにこれを支持する保守派との対立は続いてきた。職務命令が発せられていること自体は事実で、職務命令の服従を拒否した結果懲戒処分を受け、その取消を求める訴訟も頻発している。しかし近年、国民の大多数に受け入れられている現実から日教組の姿勢も軟化し入学式や卒業式での国旗掲揚国歌斉唱の実施率は上昇している。
日本における国旗国歌問題 - Wikipedia

国旗及び国歌に関する法律（こっきおよびこっかにかんするほうりつ、平成11年8月13日法律第127号）は、日本の国旗・国歌を定める日本の法律。1999年（平成11年）8月13日に公布・即日施行された。国旗国歌法（こっきこっかほう）と略される。

1996年頃から、公立学校の教育現場において、当時の文部省の指導で、日章旗（日の丸）の掲揚と同時に、君が代の斉唱が事実上、義務づけられるようになった。しかし、反対派は日本国憲法第19条が定める思想・良心の自由に反すると主張して社会問題となった。
国旗及び国歌に関する法律 - Wikipedia

当時文部省教育助成局長であった矢野重典は、1999年8月2日の参議院国旗・国歌特別委員会で、公立学校での日章旗掲揚や君が代斉唱の指導について「教職員が国旗・国歌の指導に矛盾を感じ、思想・良心の自由を理由に指導を拒否することまでは保障されていない。公務員の身分を持つ以上、適切に執行する必要がある」と表明している。
国旗及び国歌に関する法律 - Wikipedia

馳浩文部科学相は２１日、金沢市で記者団に、岐阜大学の森脇久隆学長が卒業式などで国歌「君が代」を斉唱しない方針を示したことについて、「国立大として運営費交付金が投入されている中であえてそういう表現をすることは、私の感覚からするとちょっと恥ずかしい」と述べた。
卒業式や入学式での国歌斉唱は昨年６月、当時の下村博文・文科相が全国の国立大学長らに要請していた。岐阜大は前身の旧制学校の校歌を式で斉唱しており、森脇学長は今月１７日の定例記者会見の質疑で、これまで通りの方針で臨む考えを示していた。
馳氏は２１日、金沢市内での講演で「岐阜大学の学長が国歌を斉唱しないと記者会見した」と指摘。その後、記者団に「（下村氏の要請は）大学の自主的な活動についてああしろ、こうしろと言うものでもない。学長が（斉唱しないことに）言及することはちょっと恥ずかしい」と語った。

岐阜大が国歌斉唱しない方針　馳文科相「恥ずかしい」：朝日新聞デジタル

2004年（平成16年）、東京・元赤坂の赤坂御苑で28日に開催された秋の園遊会で、今上天皇が招待者との会話の中で、学校現場での日の丸掲揚と君が代斉唱について「強制になるということでないことが望ましいですね」と発言された[4]。日本における国旗国歌問題 - Wikipedia